Mười năm đã trôi qua kể từ khi tập cuối của loạt phim truyền hình, bộ đội không gian của Sidonia đã sẵn sàng hoàn toàn cho trận chiến khốc liệt với Gauna - sinh vật không xác định - để định cư trên hành tinh thứ bảy trong hệ sao Lem. Nagate, người chiến binh hàng đầu, đã yêu Tsumugi một cách say đắm. Nhưng, âm mưu của một nhà khoa học già bí ẩn ẩn náu trong một thiếu niên đã thay đổi hoàn toàn tình hình.
